सुप्रीम कोर्ट ने केंद्र और राज्यों को गैर-अनुपालन वाले मदरसों की मान्यता रद्द करने के लिए NCPCR दिशानिर्देशों पर कार्रवाई करने से रोक दिया है। अदालत का आदेश एक याचिका के जवाब में है जिसमें दावा किया गया है कि इस तरह की कार्रवाइयां एनसीपीसीआर के अधिकार से अधिक हैं और आरटीई अधिनियम की धारा 1(5) के तहत गारंटीकृत अल्पसंख्यकों के अधिकारों का उल्लंघन करती हैं।